Non c'è bisogno di salvare il salt, per fare la comparazione basta passare la stringa criptata come salt e l'arlgoritmo ricostruisce il tutto.
Codice PHP:
// la password precedentemente criptata usata come salt
if ( crypt( $user_input, $db_user_password ) == $db_user_password ) {
// la pass è corretta
}