Sì, certo che così funziona ed è tecnicamente corretto ma ..... così reimposti totalmente un nuovo table model. A parte che in questo modo JTable ha un pochino di lavoro "tecnico" in più da fare (non è un problema di tempo comunque ... è ininfluente) ma così perdi delle cose. Sicuramente viene persa la "selezione" e pure la eventuale larghezza delle colonne che l'utente può aver ridimensionato a mano.
Nulla di grave di per sé ma è bene che lo sai. E se ti va bene ..... ok.