Niente ho scoperto:

codice:
 string testoProva = "";
            testoProva = "Ciao\\r\\nCiao2\\r\\nCiao3";


            Page.ClientScript.RegisterStartupScript(this.GetType(), "copy", "window.clipboardData.setData('text','" + testoProva + "')", true);
é tutto un problema di tag, servono i doppi '\'