Ok ... ho capito: stai usando JavaFX (e non centra niente Swing!). Dalla documentazione di StackPane:
StackPane lays out its children in a back-to-front stack.
The z-order of the children is defined by the order of the children list with the 0th child being the bottom and last child on top.
In pratica mette i componenti in "stack" uno sovrapposto all'altro. Quindi, scusa, cosa ti aspettavi di diverso?