Invece di convertire, estrarre, confrontare e sbagliare e' sufficiente che fai fare il calcolo a mysql.

per puro esempio si suppone che dovrai adattare la query ai tuoi bisogni:

codice:
$query_acconto = "select id_prenotazione, agenzia, cognome, 
datediff(curdate(), data_arrivo) as ma_quanti_giorni,
data_arrivo as arrivo, acconto_inviato 
from tabella 
where acconto_inviato = \"0\" and pagamenti !=\"4\" 
and data_arrivo >= NOW() and cancellata = '0' 
order by arrivo";