Ho risolto creando un unico array
codice:
<script language="Javascript" type="text/javascript">
var secondi=1;
var num=0;
function CambiaImmagine() {
 var immagini=new Array();
 immagini[0]="IMG/1.jpg";
 immagini[1]="IMG/2.png";
 immagini[2]="IMG/3.png";
 immagini[3]="IMG/4.png";
 immagini[4]="IMG/5.png";
 immagini[5]="IMG/6.png";
 
 if(num%2==0) {
 document.getElementById("imgsx").src=immagini[num];
 num++;
 }
 else if(num%2!=0) {
 document.getElementById("imgdx").src=immagini[num]; 
 num++;
 }
 if(num>immagini.length) {
 num=0;
 }
}
setInterval ("CambiaImmagine()", secondi * 4000).
CambiaImmagine();
</script>