Il controllo lo metti dove vuoi, ma suppongo che sulla tua home page ci sarà un link o form per il login, ecco anche quello non dovrebbe apparire se il coockie è settato, quindi io il controllo lo farei anche sulla home page.
Potresti crearti un file che effettua il controllo ed includerlo nelle pagine dove è necessario sapere se uno è loggato o no.

Lo script dovrà fare quanto segue:
- verificare se in sessione c'è la variabile che definisce l'utente come loggato (così non devi leggere ogni volta il cookie)
--- se non esiste tale variabile di sessione controlla se è settato il cookie
------ se il cookie è settato imposti la variabile di sessione per far risultare l'utente come registrato
------ se il cookie non è settato mostri il login
--- se la variabile di sessione esiste, allora non fai niente (in realtà questo cotrollo lo puoi omettere, io l'ho scritto solo per far capire la situazione)