A parte che non vedo come possa funzionare il tuo codice come cronometro, il printf che ti ho mostrato stampa a video quello che hai richiesto, se invece vuoi ottenere una scritta del tipo 02:04:15 e non 2:4:15 ti basta cambiare i %d in %02d
In ogni caso questi argomenti sono fra i primi trattati, e si suppone tu li conosca qualsiasi programma tu voglia scrivere. Perciò ti consiglierei di approfondire il C prima della scrittura di un programma.