non ti preoccupare google sa benissimo che cartella/ e cartella/index.xxx sono la stessa cosa...
di conseguenza sa anche che deve scegliere uno dei due url (quello più linkato) senza bisogno di penalizzare nessuno.

tuttavia l'errore ormai lo hai fatto e quindi, se vuoi sostituire l'url index dai risultati di google, ti consiglio di mettere un tag link rel=canonical

il rel=canonical dovrebbe bastare e avanzare però se hai dei backlink da siti molto importanti, puoi sempre contattarli chiedendo il favore di correggere i link, oppure puoi aspettare con pazienza che (prima o poi) li correggano spontaneamente.