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La selezione è singola. Guarda ti metto uno screenshot di come è la maschera attualmente che forse vale più di mille parole:
Lo screenshot lo vedo .... solo che a prima vista la schermata mi pare un pochino "caotica", nel senso che ci sono svariati pulsanti di cui non è chiaro (almeno per me che non conosco l'uso della applicazione) cosa fanno e su cosa.

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La jlist a sx è quella delle categorie. Se clicco su una categoria (selezione singola) nella jlist di dx mi compaiono i prodotti di quella categoria.
I dati nella lista2 (quella dei prodotti) vengono presi da un vector che viene generato a seconda dell'id del menu selezionato nella lista1, quindi ho un metodo che mi ritorna questo vettore a seconda dell'id della categoria che gli passo.
I dati sono in un db mysql.
E quindi la problematica quale è esattamente? La logica di base è banale: quando in jlist1 cambia la selezione, si prende il valore selezionato e lo si usa per ottenere la lista da visualizzare in jlist2. Tutto qui. E come prendere la lista da visualizzare mi pare di vedere che l'hai già fatto.

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codice:
        if (newMenuIsSaved) {
            Vector<Product> productVoices = DBConnection.fillProductList(newMenuId);
            for (int i = 0; i < productVoices.size(); i++) {
                modelProductList.addElement((Product) productVoices.get(i));
            }
        } else {
            Vector<Product> productVoices = DBConnection.fillProductList(selectedMenuId);
            for (int i = 0; i < productVoices.size(); i++) {
                modelProductList.addElement((Product) productVoices.get(i));
            }
        }
Io però non ho capito il perché del doppio "flusso" in cui cambia solo il parametro a fillProductList.

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Non ho capito questa tua domanda:
"Es. come viene usato il valore selezionato? Fa solo da "filtro" in una query ben precisa? O addirittura va a cambiare radicalmente la query"
Era solo per dire in generale .... il valore selezionato può essere usato in modi ben differenti a seconda dei casi. Potrebbe essere un semplice filtro nella select es. ..... WHERE campoDiFiltro=valoreselezionato oppure potrebbe causare l'uso di query ben differenti, es. se valore 1 prendi dalla tabella X, se valore 2 prendi dalla tabella Y o ancora altri scenari. Io ovviamente non lo so .....