Il processo ti è andato in timeout, non può volerci così tanto, puoi pure fermare tutto, tanto non sta facendo niente.
Se sei online e non hai accesso ai parametri di configurazione del server, la migrazione va fatta in locale, dove puoi fare quello che vuoi.
Il problema adesso è che se sei online qualcosa è già stato fatto e potrebbe esserci un casino tra file aggiornati e non e tabelle aggiornate e non.
Hai un backup del sito com'era prima del tentativo di migrazione?
In tal caso mettilo sul tuo pc, nel file php.ini imposta un max_execution_time bello alto, tipo 600 (10 minuti), riavvia Apache ed esegui qui la migrazione, quando hai finito sposti tutto online al posto di ciò che hai adesso.
Comunque, dopo esser passato a J!2.5, aggiorna a J!3.3 perché la versione 2.5 sarà abbandonata a fine anno.
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