il javascript agisce sul pc dell'utente... se anche avessi i permessi di esecuzione concessi dall'utente stesso dovresti avere installate anche tutte le librerie occorrenti per l'esecuzione del pyton ... e se il lancio lo facessi per tramite del php servirebbe pure quello.

Se invece il .py risiede e deve essere eseguito sul server... hai sbagliato sezione