Faccio un esempio per chiarire il discorso del file di configurazione.
Se l'applicazione deve leggere un file di configurazione, questo deve stare in un posto "noto all'applicazione". L'ideale è una cartella (directory) allo stesso livello dell'eseguibile (o della working-dir). Esempio, il file "configurazione.cfg" posto dentro la directory "config":

codice:
// Leggo il file di configurazione (come file di properties)
Properties prop = new Properties();
FileInputStream fis = null;
try {
   fis = new FileInputStream("config/configurazione.cfg");
   prop.load( fis );
} cath (Exception e) {
   e.printStackTrace();
} finally {
   if (fis != null) {
      try { fis.close(); } catch (Exception e) { }
   }
}

Ciao.