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Vorrei sapere se esistono delle classi java semplici da usare per rappresentare una mappa 2D a contour plot, ovvero a livelli, tipo questa:
Classi nel framework standard (di Java SE) per fare direttamente e in modo veloce un grafico così ... no, non ce ne sono. Esistono librerie esterne per fare grafici (es. JFreeChart) ma non so se contemplano quel tipo di grafico.

Per disegnare poligoni arbitrari, sì, c'è tutto il supporto che vuoi nel framework standard: classi Graphics/Graphics2D, i loro metodi es. drawPolygon/fillPolygon e anche le classi di "Shape" che sono es. Path2D (e sottoclassi) e Polygon.
Ma devi avere ben chiaro come funziona e si fa il custom painting in un tuo componente.