Ciao,
una cosa (forse non molto sensata) che mi viene in mente sarebbe quella di utilizzare un software come pdftk per riunire tutti i pdf in uno solo. Ad esempio per stampare 50 copie dello stesso pdf potresti replicare 50 volte la stessa pagina. pdftk poi si usa da linea di comando, quindi potresti anche crearti un piccolo script per automatizzare le operazioni.
E' una soluzione con diversi inconvenienti, però è l'unica che mi viene in mente.