Allora, calma. Premetto che il messaggio è poco chiaro ma cerco di darti ugualmente qualche dritta.

Js non vede le sessioni, che sono una caratteristica di php (i dati contenuti nelle sessioni puoi farli vedere agli script js con degli stratagemmi, a volte necessari ma non sempre ritenuti ortodossi da tutti). Quindi indipendentemente da cosa fai con js sul client (js agisce là) se la sessione è settata allora va tutto ok. Se ti dice che la sessione è vuota i motivi possono essere i seguenti:

1. manca il session_start() all'inizio della pagina php in cui controlli se la sessione è piena. Ricorda che TUTTE le pagine che condividono una sessione devono iniziare con session_start() altrimenti è come se non fosse mai stata avviata.
2. la cancelli da qualche parte usando unsert() o session_destroy(), controlla bene
3. hai qualche problema di settaggio dei cookie (ricorda che senza cookie) le sessioni non funzionano. Questa opzione è la meno probabile ma io la aggiungo.

Prova a vedere se risolvi in caso contrario sii più chiaro e posta del codice