Da quel poco che ho visto in giro, l'aggiunta di particolari caratteri non visualizzabili (cosiddetti "a larghezza zero") è un problema conosciuto e si riscontra, appunto, nell'uso di diversi editor di testo. Ho trovato spiegazioni vaghe del perché accada e soluzioni ancora più vaghe.

Ad ogni modo, invece di lanciare maledizioni a destra e sinistra, puoi provare a spiegarci come avviene la "conferma del messaggio" e come viene "assegnato ad un input hidden"?
Magari puoi postare anche un po' di codice, per capire meglio dove si possa eventualmente intervenire.