Ho appena compilato ed eseguito il medesimo codice, sempre con le minime modifiche da me apportate, con gcc in ambiente OpenSUSE 13, con il seguente risultato:

codice:
MAW@OpenSUSE:~/C-Cpp> gcc array2d.c -oarray2d
MAW@OpenSUSE:~/C-Cpp> ./array2d
 Righe........: 3
 Colonne......: 3

Inserisci elemento riga 0 e colonna 0: 1

Inserisci elemento riga 0 e colonna 1: 2

Inserisci elemento riga 0 e colonna 2: 3

Inserisci elemento riga 1 e colonna 0: 4

Inserisci elemento riga 1 e colonna 1: 5

Inserisci elemento riga 1 e colonna 2: 6

Inserisci elemento riga 2 e colonna 0: 7

Inserisci elemento riga 2 e colonna 1: 8

Inserisci elemento riga 2 e colonna 2: 9

matrice[0][0]= 1 matrice[0][1]= 2 matrice[0][2]= 3 
matrice[1][0]= 4 matrice[1][1]= 5 matrice[1][2]= 6 
matrice[2][0]= 7 matrice[2][1]= 8 matrice[2][2]= 9 
MAW@OpenSUSE:~/C-Cpp>