Facendo un'altra prova, commentando tutte le printf, mi fa inserire tutto da tastiera, e poi alla fine stampa il risultato in modo coretto. A sto punto potrebbe trattarsi di un problema printf/scanf!?

inserisco matrice 3x3:
3//righe
3//colonne
1
2
3
4
5
6
7
8
9
inserisci elemento riga 0 e colonna 0
inserisci elemento riga 0 e colonna 1
inserisci elemento riga 0 e colonna 2
inserisci elemento riga 1 e colonna 0
inserisci elemento riga 1 e colonna 1
inserisci elemento riga 1 e colonna 2
inserisci elemento riga 2 e colonna 0
inserisci elemento riga 2 e colonna 1
inserisci elemento riga 2 e colonna 2
matrice[0][0]= 1 matrice[0][1]= 2 matrice[0][2]= 3
matrice[1][0]= 4 matrice[1][1]= 5 matrice[1][2]= 6
matrice[2][0]= 7 matrice[2][1]= 8 matrice[2][2]= 9