A quanto pare il problema era nel loading. Ho trovato e modificato del codice per eseguire il JS alla fine del caricamento della pagina e ora tutto (compreso l'IF) sembra funzionare bene. Ecco il codice funzionante:

codice:
function setFocus() {
    if (document.getElementsByName("action:LoginStep1WithAssistCookie_display").item(0)) {
        document.getElementsByName("action:LoginStep1WithAssistCookie_display").item(0).focus();
    }
    else if (document.getElementById("card-digits")) {
        document.getElementById("card-digits").focus();
    }
}

if (window.addEventListener)
    window.addEventListener("load", setFocus, false);
else if (window.attachEvent)
    window.attachEvent("onload", setFocus);
else window.onload = setFocus;