Che io sappia, non puoi; Windows non prevede autenticazione per l'accesso a cartelle "vere" (se non quella integrata in Windows basata sulle ACL). Quello che invece si può fare è registrare tipi di file "speciali" che poi appaiano come cartelle (tipo il visualizzatore di file .zip incluso in Windows) e vengano montate nel namespace della shell (e in quel momento puoi inserire la tua autenticazione), ma non è cosa semplicissima, e credo tra l'altro sia doppiamente ingarbugliata da fare da .NET.