Detto che appunto per il motivo da te menzionato non è buona cosa condividere sessioni, io non lo farei nemmeno a livello di sottodominio. Detto questo sei sicuro che invece che la funzione session_save_path a non esistere non sia la directory invece o che non sia leggibile dal secondo sotto dominio? La funzione da te citata è nativa in PHP quindi dubito fortemente che non esista.

Spero di averti dato qualche dritta.