codice:
public class DivisibilePerTre{    
    public static void main(String argv[]){
        
        int[] Div = {34, 65, 23, 33, 9, 12, 24, 48, 43, 11, 22, 99, 27};
        int divisibile = 0;
        int i;
        System.out.print("Questi elementi sono divisibile per tre: ");
        for(i = 0; i< Div.length; i++){
            if(Div[i]%3==0){
                System.out.print(Div[i]+" ");
            }
        }
    }
}
Bastava semplicemente mettere l'istruzione di stampa prima del for.
Nel modo in cui l'ho scritto, stampa tutto su una riga, poi se alla fine vuoi andare a capo basta aggiungere un System.out.println("");