Scrivere path "assoluti" nei sorgenti non è mai una buona cosa. Scrivere path "relativi", sì, è ok. Ma un percorso relativo tipo es. "immagini/xyz.png" è relativo alla directory corrente e quale che sia dipende solo da come/da dove viene avviata la applicazione.
Se vuoi che sia relativo a qualcos'altro ... devi precisare (dire cartella interna al mio progetto è vago) e comunque valutare come fare a rintracciare a runtime quella directory.
Se si tratta di caricare delle risorse, tipicamente immagini, allora si usa appunto il concetto delle "risorse" e si sfrutta il classpath (vedi es. questa discussione).