Il forum funziona, ma questo non significa che ad ogni domanda ci sia una risposta. Soprattutto quando non è semplicissima, come in questo caso. E comunque, quel "qualcuno" che dovrebbe avere, come dici tu, considerazione degli user, sono semplicemente altri user.
Venendo al tuo problema: non è semplicissimo capire quale sia esattamente, ma si può provare ad intuire. E quello che si intuisce c'entra poco con php, altro motivo per cui nessuno ti ha risposto finora.
La mia impressione è che sia un problema di css. Utilizzare un iframe o un include è profondamente diverso perché, a parte il fatto che nessuno dei due è un "comando", nel primo caso stai dando al browser due documenti html distinti, mentre nel secondo il documento è unico.
Questo significa che, nel caso dell'include, corri il rischio che gli elementi dello script che stai utilizzando interferiscano con il resto della pagina. E credo che possa essere questo il motivo per cui le voci del menu ti escono in modo diverso da come te l'aspetti.
Io seguirei la strada dell'iframe, per quanto possa essere un po' obsoleta, in un caso come questo secondo me è la migliore. Il problema della dimensione della finestra lo risolvi facilmente attraverso i css.
