Innanzitutto, tiri in ballo due problemi differenti: una cosa e' centrare nella finestra il contenuto del sito, un'altra del tutto diversa e' l'apparire della barra di scorrimento.

Detto questo, per centrare davvero orizzontalmente il contenuto del sito e' necessario dare margin:0 e padding:0 al body, e margin-left:auto e margin-right:auto a una div che contenga tutto il resto del sito, div che deve anche avere una larghezza fissata.