Non so aiutarti per la firma digitale, ma sono sicuro che a risolvere i falsi positivi sull'antivirus dovrebbero essere quelli di Enigma Protection, perché quasi certamente è il loro codice di offuscamento a provocarli...

Hai provato a vedere se NON utilizzando Enigma Protection hai lo stesso dei falsi positivi?

In ogni caso, la firma digitale non modifica la parte eseguibile dell'eseguibile, quindi non cambierebbe niente per quel che riguarda i falsi positivi!