Non ho capito... in che senso non fai nulla? Se metti "Exit Sub" sub SUBITO DOPO Me.Close (quindi all' interno dell if... end if) l' applicazione deve chiudersi! L' "Exit Sub " serve semplicemente ad evitare che venga COMUNQUE letto il codice "popola_combofil()". Io personalmente toglierei Application.Exit, Me.Close basta e avanza.
Il modo migliore per chiudere una a applicazione è un bel Me.Close dopo aver chiuso tutti gli eventuali altri form aperti nella Sub Form_Closing (evento che non viene generato se usi Application.Exit).