Premessa quando si chiede aiuto bisogna agevolare il più possibile altrimenti chi ti vuole aiutare si scoraggia (si scoccia) e ti molla al tuo problema pertanto quando ti si chiedere un link pubblico (visto che ci sono hosting free tipo altervista.org) è sempre meglio farlo, e/o quanto meno motivare perché non si può fare quanto richiesto.
Postare il codice tra i tag [c o d e] [/c o d e] ( vedi modalità avanzata) così da rendere il codice più leggibile.
Analizzando il codice
codice:
<head><script type="text/javascript">
var n_sessioni = 0;
function AttivaFrame(iFrameID)
{
if (document.getElementById(iFrameID).contentDocument ){ alert(); //questo alert va tolto 
return document.getElementById(iFrameID).contentDocument; }
else {// qui manca una parentesi apertura
//Internet Explorer
return document.frames[iFrameID].document;
}// qui manca la parentesi chiusura
} 
</script>
</head>


<div id="testo"> "Contiene il testo da cui prendo le frasi che mi servono"</div>
<script>
...
function modifica(id,frase)
{
document.getElementById("testo").className = 'size-testo';
$('#'+id).addClass('frase-sessione')//questo a cosa serve? Usi anche jquery?
var node = document.createElement('iframe');
var id = document.createAttribute('id');
id.value = "modifica"+n_sessioni;
var clas = document.createAttribute('class');
clas.value = "size-iframe";
node.setAttributeNode(id);
node.setAttributeNode(clas); 
document.getElementById('iframe').appendChild(node);//oggetto con id iframe  (che sarebbe meglio cambiare perché potrebbe essere una parola riservata js) dove è?


AttivaFrame("modifica"+n_sessioni).designMode = "On";
AttivaFrame("modifica"+n_sessioni).body.innerHTML = '<span id="'+id+'">'+frase+'</span>';
n_sessioni++;
};
</script>


<div id="mod"> </div>
la funzione modifica dove è quando viene richiamata?
Ricordati che se tutto questo processo deve avvenire al caricamento della pagina dovrai racchiudere il tutto nell'evento onload.



P.S. Un minimo di conoscenza di javascript l'hai o non sai nulla?