Non ho capito bene la tua domanda: cioè vorresti che qualcuno possa installare con diritti di amministratore anche se non è amministratore? Sarebbe eccezionale per i virus...
Ma forse intendi: verificare che chi installa abbia privilegi di amministratore (che mi sembra un Setup più "tranquillo").
In questo caso ti rispondo bypassando il problema: usa InnoSetup, che è aggratis, e con quello ci fai TUTTO quello che vuoi, con codice semplice e ben documentato.
Alcuni esempi:
MinVersion=5.1sp3.............. installa solo se hai almeno WinXP SP3 (altrimenti messaggio di avviso)
Privilegesrequired=admin..... installa solo se sei amministratore (altrimenti messaggio di avviso)
Senza bisogno di alcun codice aggiuntivo... di default i files preesistenti vengono sovrascritti SOLO se quelli inseriti nel Setup hanno versione superiore.
flags: ignoreversion .... flag aggiuntiva che permette di rimpiazzare i files comunque.
ecc. ecc. Scusate se sono OT...