no, forse mi sono espresso male.
Le Librerie native, si chiamano così perchè la maggior parte delle volte interagiscono direttamente con il kernel e quindi con l'hardware.
Il java è un linguaggio che lavora su di una piattaforma, ovvero la JVM. A sua volta è definito un linguaggio interpretato, quindi questa serie di passaggi riduce le capacità dell'elaboratore/cpu dovendo eseguire più comandi rispetto ad un linguaggio nativo.

Di pro ovviamente è che con Java hai un software orientato agli oggetti, che gira su di una piattaforma, il che fa si che che giri su qualsiasi sistema abbia la stessa piattaforma... un bel vantaggio. Le librerie native invece sono molto restrittive al sistema operativo, al tipo di hardware installato e alla compilazione.
Quindi se devi realizzare un prototipo di teleguida laser di missili per caccia ti sconsiglio di usare il Java SE, perchè quei millisecondi di differenza potrebbero costare l'obbiettivo al missile. Per tutte le altre applicazioni che non necessitano particolari tempi di reattività il Java è perfetto.
Se poi devi lavorare su di una piattaforma Hardware particolare che non cambierà nel tempo, allora una libreria nativa potrebbe essere una soluzione, altrimenti è anche uno spreco di tempo e di risorse.

Alcune librerie Java tra l'altro sono delle elaborazioni di librerie native. poco tempo fa infatti ho lavorato su di una libreria chiama usb4java che si basa appunto su di una libreria usb nativa, da cui estrapola un codice di alto livello.