Io nei miei siti prevedo un file di configurazione da includere nei vari file, tra le altre cose ci metto una variabile del tipo

$base_url = 'http://localhost/cartella_sito/';

e dove devo mettere dei percorsi assoluti faccio ad esempio

<a href='<?php echo $base_url ?>sottocartella/file.php'>link</a>

così faccio tutti i test in locale, poi quando sposto il sito online mi basta modificare la variabile $base_url nel file di configurazione e ciò si ripercuoterà su tutti i file in cui compare.