Non ho possiblità di fare una conversione a monte in quanto non sarò io ad operare nel flusso dati di input.
Ho comunqe trovato una soluzione e la scrivo nel caso possa servire ad altri.
- Effettuto il salvataggio del file cosi come è in ANSI.
- Quando vado a leggerlo vado ad convertire ogni riga in UTF8 e risolvo il problema.
Il codice è il seguente:

Codice PHP:
$handle=fopen($filename"r");      #apre il file
while (!feof($handle)) {    
            
$buffer utf8_encode(fgets($handle));
            
//... operazioni