Per "modifica della tabella" intendi l'utilizzo dell'edit delle celle che è possibile in JTable? Se sì, quando il valore in una cella viene confermato, esso va a finire al table model tramite setValueAt. Quindi innanzitutto si tratta di valutare quale table model stai usando o intendi usare.
E comunque servono un po' di dettagli in più per comprendere bene e meglio la tua problematica.