Ragioniamo bene sul tuo problema:
A parte che microsoft ha fatto la scelta puramente commmerciale di non far dialogare works e access..

Tu hai portato tutti i dati in excel.
Se sono diverse tabelle, avrai diversi fogli excel. Quindi diversi csv da importare. Giusto ?

E' impossibile che excel ti esporti tutto su una riga sola di csv. Una tabella è una tabella e come tale la ritrovi nel csv.