alla fine ho risolto ed espongo la questione:

le soluzioni sono due:
-scorrermi ricorsivamente tutti i figli con childNodes() e ricrearmi i tag html a piacimento.
-usare un artifizio per non tagliare i tag html originali del nodo.

per la seconda soluzione c'è una specie di stregoneria il metodo C14N()
http://www.php.net/manual/en/domnode.c14n.php
o anche, come dice l'utente nella pagina del metodo, $html = $Node->ownerDocument->saveHTML( $Node );