Quella di cui parli è la "low level format", "formattazione a basso livello" e si fa con strumenti appositi.

Dovresti sapere la marca dell'hdd che sta dentro il box, andare sul sito del produttore e vedere se tra i software mette a disposizione anche un tool per la formattazione a basso livello.

N.B.: la marca dell'HDD potrebbe non essere quella del box, per esempio gli HDD esterni Verbatim, dentro non hanno HDD Verbatim, perché Verbatim non produce HDD, potrebbe per esempio esserci dentro un Maxtor o un Hitachi o altro, quindi cerca di capire di che marca è l'HDD che sta dentro il box (magari c'è scritto sulle specifiche tecniche sul sito del produttore del box).