Ciao, come accennato da tampertool, dovrai "riapplicare" tale classe agli elementi creati runtime.
Ci sono degli esempi nella pagina di tale libreria.
Prova una cosa del genere:

codice:
<html>
<head>
   <script type="text/javascript" src="jscolor/jscolor.js"></script>    
 
   <script>
   function stampa(){

       var r = document.createElement('INPUT')
new jscolor.color(r)
document.getElementsByTagName('BODY')[0].appendChild(r)

   }
   </script> 
</head>
<body>
...
</body>
</html>