Puoi usare un file di qualsiasi tipo per memorizzare questa informazione: l'estensione e il formato è ininfluente.

Hai scritto che il tuo programma già scrive/legge un file: beh, sai già farlo allora

1. Decidi il formato del file di supporto (ad esempio, chiave=valore)
2. Quando chiudi il programma scrivi nel tuo file di supporto il path del file di lavoro
3. All'avvio successivo provi a leggere il file: se esiste, leggi il path del file di lavoro e lo presenti allo sviluppatore; se non esiste gli presenti una situazione "pulita"

Personalmente ti consiglio di usare Properties: http://docs.oracle.com/javase/tutori...roperties.html