Non ho capito molto bene cosa vorresti ottenere.
codice:
come faccio a chiamare la funzione DrawAllCharts passando la variabile chart1_data ?
La domanda è: ti è permesso passare tale variabile a tale funzione?
Personalmente non so di cosa si tratta, ma immagino ci siano delle API con cui puoi interagire con tali funzioni.
Hai controllato sulla documentazione?

Il resto della richiesta non mi è chiaro. Se intendi recuperare al volo dei dati dal bd puoi usare Ajax in modo da averli a disposizione su javascript quando ti serve.

La strada più semplice mi sembra quella di spostare la funzione sulla pagina php in modo da estrarre i dati ed inserirli nella funzione....
Bene. Hai provato?