Quando chiedi aiuto posta anche il codice che stai usando, così si può vedere dove eventualmente sbagli.
Se non lo fai, nella maggior parte dei casi le risposte saranno "ad intuito" ed in quanto tali si rischia solo di perdere tempo perché magari ciò che ti si consiglia lo stai già facendo e serve altro.

Per adesso ti chiedo, dopo la rotazione usi una cosa di questo tipo per salvare l'immagine?

$img->saveImage("cartella_immagini/immagine.jpg", 90);