Ok
Ma il problema è che non capisco cosa debba "proteggere" active directory della tua applicazione.
In pratica non si tratta di gestire codice VB.NET ma di impostare bene tutti i "pezzi" ...
Se il tuo programma sta in una cartella condivisa basta che questa sia resa accessibile (tramite i permessi di AD) soltanto agli utenti che vuoi tu. E' una questione che risolveranno i sistemisti.