La documentazione di Properties è chiarissima:


codice:
store(OutputStream out, String comments)
store(Writer writer, String comments)

Tu hai un PrintWriter (basterebbe anche solo il FileWriter)... usi il secondo:


codice:
// Creo l'oggetto Properties
Properties p = new Properties();

// Ci metto tutte le proprietà
p.setProperty(..., ...);
...

// Salvo su file
p.store(pw, null);

// E' bene sempre chiudere il file alla fine (magari nel finally di un blocco try/catch/finally)
pw.close();

Ciao.