Dubbio su dove salva FileWriter

[andbin]

FileWriter fw = new FileWriter("Magazzino Articoli_Conf.txt");

Quindi FileWriter scritto in questo modo salva sempre il file nella cartella del mio programma?

Non è un path "assoluto", quindi è relativo alla directory "corrente", pertanto il file indicato è appunto esattamente nella directory corrente.

Quale sia la directory corrente, dipende solo ed esclusivamente da dove/da come si avvia la applicazione. (negli IDE nelle opzioni di launch del progetto è in genere specificabile la directory corrente per l'avvio dal IDE)