Perché la prima ) ti chiude la funzione mysql_query, devi toglierla e mettere )) alla fine.

Codice PHP:
function user_get_id($user){
    return  (
mysql_query("
    SELECT id
    FROM utenti
    WHERE username='"
.$user['username']."' and password='".$user['password']."'
    "
0'id'));

Edit: appunto, come dice satifal, storia sui parametri inclusa.