In realtà non è un problema di spazio, il file di prova era inferiore ai 300kb, quanto l'elevato numero di singole transazioni, dato che ogni riga genera circa un centinaio d'inserimenti. Credo che il problema eventualmente derivi da questo, dato che di partenza ho immaginato ogni inserimento come una singola query. Non posto codice perchè non è questa la sezione per il php, ma dici che l'eventuale config di questa cosa risiede sotto php?