Non è banale determinarlo. Un file system come NTFS non rende semplice rispondere a tali domande: oltre ai file nascosti, si possono includere o meno nel conteggio le strutture di directories, si possono conteggiare i puri link simbolici o l'effettiva dimensione del file da essi referenziato, eccetera.
Questo spiega ampiamente le discrepanze: non è certo difficle contare, ma spesso il problema è stabilire esattamente cosa si vuole contare... in ogni caso, il tool di Sysinternals è sicuramente uno dei migliori in circolazione, e più documentato sui dettagli di NTFS.