Puoi creare un array bidimensionale (più propriamente un array di array) aggiungendo, attraverso un ciclo, le coppie di valori che vai a recuperare dai due array.
Non è così difficile ma intuisco che ti mancano delle nozioni base.

Ecco un esempio:
codice:
<!DOCTYPE HTML>
<html>
  <head>
    <title>Esempio</title>
    <meta charset="utf-8">
  </head>
  <body>
    <script type="text/javascript">
      var matrice1 = [1,2,3,4,5];
      var matrice2 = [10,20,30,40,50];
      var matrice1_2 = []; // array risultante
      for (var i = 0; i < matrice1.length; i++){
        matrice1_2.push([matrice1[i],matrice2[i]]); // aggiungo le coppie di voci e creo un array bidimensionale
        // è lo stesso che fare:
        //matrice1_2[i] = [matrice1[i],matrice2[i]];
      }
      document.write(matrice1_2.join("<br>")); // nota che le coppie di voci sono automaticamente convertite in stringa con i valori separati da virgola
      // OUTPUT:
      //  1,10
      //  2,20
      //  3,30
      //  4,40
      //  5,50
    </script>
  </body>
</html>