Ma perche` hai dato position:fixed all'header? Quello serve proprio per poter sovrapporre un oggetto al resto della pagina.
E anche il position:absolute ai due blocchi sottostanti non semplifica.

Dovresti lasciare tutto in position:static (il default), e dare float:left ai due blocchi sotto (oppure float:left e float:right rispettivamente).
Se una libreria JS da` problemi con il position:static, forse non e` lo strumento migliore da usare. Potrebbero esserci altre librerie migliori.

O forse devi dare position:relative ai due blocchi, in modo che le strutture all'interno si posizionino relativamente al loro contenitore e non alla finestra.