primo: la tua base di dati è indipendente dal codice java (ovviamente), quindi scrivila, popolala (fai ovviamente le query) indipendentemente dal programma.
Che so devi inserire una persona? bene, hai il tuo programma di interfaccia col db (testuale, grafico fai tu) e ci scrivi
INSERT INTO Persona VALUES (codicefiscale, nome, cognome)

quella query è quella che userai dal tuo programma.

Questa cosa qui ti permette di slegare il tuo mini database dall'implementazione

secondo: scrivi delle classi che si interfacciano con il db, in modo da dati in input (non ti interessa come li ottieni) nome, cognome e cf, puoi popolare il database.
ovviamente andrai a leggere, eliminare, modificare un record con lo stesso procedimento

terzo: guarda alle relazioni (N - N sono nuove tabelle) --> risolvile

quarto: scrivi un main che ti permetta di fare le azioni